Corría el año 1998 y un tal Mike Becker, diseñador de camisetas y entusiasta de los juguetes estaba intentando conseguir un hucha muy antigua que representaba a una conocida mascota de una famosa cadena de comida rápida americana llamada Big Boy. Se dio cuenta de que era muy cara y complicada de conseguir y se le ocurrió la idea de, porque no, fabricar en China una réplica de ella que más o menos le costaría lo mismo. Poco después desde su propia casa en Washington lanzó su propia compañía a la que llamó «Funko».

Empezó vendiendo figuras cabezonas con muelle, huchas y títeres hechos a mano basados en personajes clásicos. Su licencia inicial incluía a personajes como Popeye, Dick Tracy, mascotas de cereales General Mills como Count Chocula y, por supuesto, la mascota de Big Boy que tanto ansiaba.

Funko era un éxito, pero a Becker le preocupaba más revivir sus marcas favoritas que hacer crecer la empresa. En 2005 empezó a perder interés por la compañía, incluso llegó a pensar en cerrarla, en ese momento Brian Mariotti, actual propietario y CEO de la empresa, aprovechó la oportunidad y le propuso a Becker adquirir la empresa, Mariotti, un ex dueño de una discoteca y un coleccionista serio (hizo el primer pago inicial de su casa vendiendo su colección de dispensadores Pez), finalmente persuadió a un Becker y este aceptó venderle el negocio con la condición de que los empleados se mantendrían en plantilla.

La compañía, ya en manos de Mariotti fue creciendo poco a poco, no sin dificultades, hasta que en 2010 y con el nombre de Funko Force 2.0 presentaron en la San Diego Comic Con 2010, las primeras figuras que todos conocemos ahora como Funko Pop! (el nombre se cambió poco después de la convención, así como el packaging).

Funko planea ser una compañía de mil millones de dólares en cinco años. Mientras que otras empresas de juguetes como Hasbro o Jakks Pacific hacen grandes apuestas entre cuatro y cinco licencias al año, Funko tiene más de 200 licencias.